Grazie ai ritrovamenti dei resti di alcuni villaggi palafitticoli rinvenuti nei laghetti di Sovenigo, si è potuto affermare che questa zona era abitata durante l’epoca preistorica. Visitando il monte Boccale si possono incontrare delle lapidi appartenenti al periodo romanico, la più spettacolare è murata nella porta della parrocchiale di San Michele. Il paese visse la dominazione longobarda, la sottomissione alla Serenissima, la peste del 1630, i banditi durante il XVII secolo, prestò i soccorsi durante la battaglia di San Martino. Anche Puegnago, come moltre altre località della Valtenesi, vide sorgere un CASTELLO a difesa delle incursioni ungare. Le maestose mura sono state lasciate al totale abbandono, mentre la torre dell’ingresso principale è stata trasformata in campanile verso la metà del XIX secolo.
Tra le numerose chiese, sono da ricordare, LA CHIESA PARROCCHIALE DI SAN MICHELE (sorta all'inizio del 1600), la CHIESETTA DI MURA (1583) dedicata a S. Giuseppe, la CHIESETTA DI SAN GIOVANNI BATTISTA in località Palude, la CAPPELLA DI MONTEACUTO (situata a Monteacuto, un antico borgo in origine composto da tre cascine) e la MADONNA DELLA NEVE nella frazione Raffa.